基因魔剪升级为“瑞士军刀”？新型基因编辑工具CasX来了

日前，美国加州大学伯克利分校Jennifer Doudna作为通讯作者之一在国际顶级学术期刊《自然》（Nature）杂志发表一项最新研究：CasX是细菌和人类细胞中一种有效的基因编辑器。这是时隔7年之后，Doudna再次开发出新型基因编辑工具，或可和此前的Cas9形成有力竞争。

2012年6月， Doudna率先拉开第三代基因编辑技术CRISPR-Cas9的大幕，但在随后的专利竞争中，一度被麻省理工学院和哈佛大学的博德研究所（Broad Institute）张锋团队占尽优势。

CasX由Doudna和加州大学伯克利分校另一名科学家Jill Banfield两年前在一些世界上最小的细菌中发现，这种蛋白质与Cas9类似，但比Cas9小得多：如果你想把基因编辑器植入细胞，这是一个很大的优势。

所谓的CRISPR本身是一种防御系统，用以保护细菌和古细菌细胞不受病毒的侵害。这些生物基因组中的CRISPR位点能表达与入侵病毒基因组序列相匹配的小分子RNA，当细菌等感染了病毒，CRISPR RNA就能通过互补序列结合病毒基因组，并表达CRISPR相关酶，也就是Cas，这些核酸内切酶能切割病毒DNA，从而瓦解病毒攻击。

科学家将这套系统搬用到非细菌细胞中，实现对DNA核苷酸序列进行删除、插入等精确的编辑操作。目前，CRISPR系统中两类效应蛋白家族Cas9和Cas12a（又称为Cpf1）已被成功改造成哺乳动物及其它模式生物的基因组编辑工具。2018年12月、今年1月，中科院动物研究所李伟等人、张锋及其同事分别在Cell Discovery杂志、Nature communications发表了名为Cas12b的第三个CRISPR基因编辑系统。

尤其是最早开发的Cas9，目前已经证明自己是一个强大的基因编辑器，被广泛应用于人类、植物、动物和细菌中，能够快速准确地剪切和拼接DNA，为治疗疾病开辟新途径。

Doudna率领的研究团队此番开发出的CasX证明了在原生细菌之外也能发挥作用。其设计类似于Cas9和 “表亲”Cas12，但不同之处在于，它似乎是独立于其他Cas蛋白在细菌中进化而来的。它可以像Cas9一样切割双链DNA，可以结合DNA调节基因，也可以像其他Cas蛋白一样靶向特定的DNA序列。

此外，由于它来自于人类不存在的细菌，Banfield从地下水和沉积物中发现的微生物数据库中提取了它们，人类免疫系统应该比Cas9更容易接受它。一些医生一直在担心，在使用CRISPR治疗的患者中，Cas9可能会产生免疫反应。

“基因组编辑工具的免疫原性、传递性和特异性都至关重要。”论文的作者之一Benjamin Oakes在加州大学伯克利分校官网的一篇新闻稿中如此表示。Oakes曾在加州大学伯克利分校攻读研究生，目前是创新基因组研究所（innovation Genomics Institute）的创业研究员， “我们对CasX在所有这些领域的表现感到兴奋。”

论文第一作者Jun-Jie Liu和Natalia Orlova使用冷冻电镜捕捉到了CasX蛋白在编辑基因过程中的快照图像，基于这种蛋白质独特的分子组成和形状，研究人员得出结论，CasX的进化独立于Cas9，没有共同的祖先。

“首先值得注意的是，这些高度特异性的结构域是如何发挥类似于他们在其他RNA引导的DNA结合蛋白中所观察到的作用。CasX的最小尺寸有助于清楚地展示其在自然界中使用的基本配方。”Oakes说，“了解这个配方将帮助我们更好地进化和设计基因组编辑工具，以达到我们的目的，而不是自然的目的。”

Doudna最后表示，“我们不仅仅在寻找下一对分子剪刀，我们想制造下一把瑞士军刀。”