3篇Nature论文连发：人类泛基因组首个草图公布

自2001年发布草案以来，人类参考基因组一直是人类基因组的支柱。但由于结构变异和替代等位基因的存在——有些在最初参考基因组中没有——单个基因组无法代表人类物种的遗传多样性。

2023年5月10日，Nature 发表了人类泛基因组参考的初稿，这一集合旨在最终代表我们整个物种中尽可能多的DNA序列。该项研究组合的人群遗传物质来自47个遗传多样化个体，为人类基因组提供了更完整的图像。

在这3篇 Nature 论文的合集中，人类泛基因组参考联盟（Human Pangenome Reference Consortium）提出了首个人类泛基因组参考草图，以及两个使用这一参考为基础进行新遗传学研究的发现。

泛基因组开发自47名祖先不同个体的阵列，为当下的参考人类基因组（GRCh38）添加了1.19亿碱基对和1115个基因重复（一个DNA区域里含有一个基因重复的变异）。与GRCh38相比，利用这一草图，检测到结构变异的数量增加了104%，为人类基因组遗传多样性提供了更完整的图景。

新的泛基因组参考是不同基因组的集合，从中比较单个基因组序列

两篇同时发表的论文提出了使用人类泛基因组草图的相关发现。在第一篇论文中，华盛顿大学医学院的 Evan Eichler 和同事开发了一个有片段重复序列（在基因组一个以上位点重复出现、共享高度相同序列的DNA区域）的单核苷酸变异（SNV）图谱，描述了数百万此前未绘制的SNV，和与单一DNA不同的变异性质。

在第二篇论文中，田纳西大学健康科学中心的 Erik Garrison 和同事观察了异源着丝粒染色体短臂（中节位于靠近染色体一端）间的重组模式，对一种过去曾推测存在但因缺乏合适数据未观测到的染色体之间的DNA交换机制提供了证据。

这些成果还只是人类泛基因组前景中的一个过渡阶段，该计划旨在获取350名个体的遗传多样性。Arya Massarat 和 Melissa Gymrek 在同时发表的新闻与观点论坛中强调了这些进展的重要性，但提出还需持续改进以克服一些现有的挑战，如需要更多样化的取样。

“这将最终使发现促成生理和临床特征的遗传变异变得更为容易，而且——人们也期望——这将最终为许多人带来更好的健康结局。”他们写道。

论文链接：

1. https://www.nature.com/articles/s41586-023-05896-x

2. https://www.nature.com/articles/s41586-023-05895-y

3. https://www.nature.com/articles/s41586-023-05976-y

4. https://www.nature.com/articles/d41586-023-01490-3

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