郑大一附院遗传与产前诊断中心 发表新冠病毒研究遗传学分析文章

近日， Frontiers in Immunology《免疫学前沿》杂志在线发表了题为“Genetic surveillance of five SARS-CoV-2 clinical samples in Henan province using nanopore sequencing”(基于纳米孔测序对河南省5例新冠病毒临床样本的遗传学分析)文章，该篇论著以三代测序深度挖掘新冠病毒全基因组序列。郑州大学第一附属医院遗传与产前诊断中心主管技师王亚楠为文章第一作者，河南省医学科学院郭永军教授，郑州大学第一附属医院的苟建军教授、孔祥东教授为共同通讯作者。

该研究中三代测序在河南省新冠定点救治医院就地自主实现，数据分析也由作者团队完全自主完成。该研究成果既是遗传与产前诊断中心长期开展三代测序技术在产前诊断及罕见病中应用的延伸，同时也体现出了遗传与产前诊断中心团队与时俱进、抓住机遇、因地制宜关注新冠病毒研究的创新与求实。

文章研究概述指出，2021 年 8 月期间 SARS-CoV-2 在郑州出现了小范围传播，为了鉴定该次传播的病毒突变株类型，采集了 5 名患者的鼻咽拭子，通过多重 PCR 的方式富集病毒全长基因组，利用纳米孔测序技术达到了 96% (测序深度≥100x) 的测序覆盖度。结果表明 5 个样本均属于德尔塔突变株，进一步分析发现，其中两个样本属于 B.1.617.2 亚系，其余三个样本属于 AY.31 亚系，而 AY.31 是 和缅甸密切相关的一个突变株，测序分析发现其与缅甸流行株高度同源，与流行病学调查结果一致。同时，将2021年1月10月中国各个地区和缅甸上传到 GISAID 数据库的新冠病毒基因组序列进行遗传进化分析后，推测 5 个病毒样本具有不同的病毒传播链。在该项研究中，除了鉴定出德尔塔毒株典型的高频错义突变，还鉴定了 5 个在全球发生频率<0.1%的低频突变,分别定位于 Nsp2, Nsp3, Nsp14 和 ORF10 基因。该研究建立了成熟的 SARS-CoV-2 全基因组纳米孔测序平台，为 COVID-19 的监控及政府决策提供了有力的技术支持。

临床新冠鼻咽样本全基因组纳米孔测序

2021年中国多地区新冠病毒遗传进化分析

王亚楠：

主管技师，复旦大学生命科学学院遗传学博士，中共党员，就职于郑州大学第一附属医院遗传与产前诊断中心，主要研究方向为基于纳米孔测序技术进行罕见病的基因诊断与产前诊断。入职以来，王亚楠博士曾经多次随队参加郑大一附院紧急支援外地的抗击新冠疫情工作。

原文链接：

https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.814806